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TBtoolsRPlugin

介绍

TBtools打包了R,实现了点点点来运行Rscript,于是把自己平时用的R脚本打包成插件,然后应该会长期优化

更新内容

2021年3月17日 OneStepWGCNA 防呆代码

  1. 之前我自己在做的时候首先会把traitdata和expression data的Sample顺序统一一下,然后再做的时候他们是一一对应的。后续写脚本的时候没有考虑着部分,后来有一次我自己忘了整合了,发现出来trait-module的顺序出错了,所以这里加了一行代码,在过滤完datExpr之后匹配下datTrait和datExpr的rowname。这样就可以不事先排列了!! 这里特别注意以前你要是顺序不对的话,最终的结果可能有问题,再跑一次
  2. 部分用户反映的报错我看了下,有一类是因为geneID是纯数字,当转换成rowname的时候,如果你的数字不是完全连续的,那么就会报错,说有的行没有内容,这里直接会把第一列的geneID转换成字符型。
  3. 增加了俩参数,mergeCutHeight,粗糙的解释就是对所有基因聚类后从一个treeHeight开剪,由于当时我自己做项目的时候模块太多了,之间关联性也比较强,我当时调整高度为0.4,这样模块少了很多。但是官方推荐的是0.25。其实后来我发现很多项目如果把这个参数设置为0.4以后会出现module-trait关联度不高的情况,这也比较好理解,如果你tree merge height高度太大的话会把很多模块都合并了,如果你模块间的相关性不大,那么不同表达模式的模块就被合并为一个。这也就比较蛋疼了。所以这次我把这个参数放开了。大家自行调整设置。另外一个就是minModuleSize这个是模块内最少有几个基因。这个也放开了,根据你的要求自行调整
  4. 还有一个就是win和mac下加速TOM矩阵计算的方法,这个方法参考我公众号的文章。都很简单。
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简介

TBtools打包了R,实现了点点点来运行Rscript,于是把自己平时用的R脚本打包成插件,然后应该会长期优化 展开 收起
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